Trong cộng đồng khoa học gia quốc tế, không ai có thể phủ nhận được danh tiếng của ông. Năm 1907, tại Hội nghị Quốc tế về nhân khẩu học và vệ sinh lần thứ 14 ở Berlin, ông được trao huy chương vàng cho những đóng góp trong việc cải thiện điều kiện vệ sinh tại Rio de Janeiro. Năm 1909, Oswaldo Cruz nghỉ hưu khi đang còn nắm giữ chức Tổng Giám đốc Sức khỏa công cộng, và ông toàn tâm toàn ý tập trung cống hiến cho Viện Manguinhos, nơi sau này đã được mang tên ông. Từ nơi này ông đã làm một cuộc hành trình vì khoa học diệu kỳ, giúp mang lại sự hiểu biết thấu đáo hơn về sức khỏe và cuộc sống của các vùng miền trong đất nước Brasil, đóng góp vào sự định cư của người dân ở các vùng khác nhau. Ông đã loại trừ hoàn toàn bệnh sốt vàng ở các khu vực đô thị tại bang Pará. Chiến dịch vệ sinh của ông tại bang Amazonas cho phép xây dựng tuyến đường sắt Madeira-Mamoré, vốn đã bị đình trệ trước đó do số tử vong quá cao vì bệnh sốt rét và sốt vàng lan truyền giữa những người công nhân.

Năm 1913, ông được bầu làm thành viên của Viện Hàn lâm Nghệ thuật và Văn chương Brasil. Năm 1915, vì lý do sức khỏa, ông từ chức giám đốc Viện Oswaldo Cruz chuyển tới sống ở Petrópolis, một thành phố nhỏ thuộc miền núi gần Rio. Ngày 18 tháng 4 năm 1916, ông lại được bầu làm thị trưởng thành phố này và ông ngay lập tức phát họa một kế hoạch đô thị hóa rộng lớn mà ông sẽ không bao giờ tận mắt thấy nó được hoàn thành. Vào buổi sáng ngày 11 tháng 2 năm 1917, ông mất do suy thận khi còn ở tuổi 44.

Như là một kết quả của một cuộc đời ngắn ngủi đã từng bị ngộ nhận và chịu nhiều cay đắng nhưng cũng đầy thành quả Bác sĩ Oswaldo Cruz, đã gây dựng nên viện khoa học và sức khỏe tối quan trọng, đánh dấu sự mở đầu cho nền y học thực chứng ở Brasil trong nhiều lĩnh vực. Điều đó tới nay vẫn còn có một ảnh hưởng vang dội lên nền khoa học, kỹ thuật và sức khỏe công cộng của Brasil.